Segundo a história, a povoação desta região aconteceu no final do século XVII por famílias vindas da região de Atibaia. Essas famílias eram descendentes de portugueses e espanhóis. Instalaram-se, de princípio em Serra Negra e, posteriormente, às margens do Rio do Peixe, pela sua abundância em pescado.
Logo, ao início das primeiras edificações, os fundadores de Lindóia, naquele tempo denominada Rio do Peixe, construíram a capela em homenagem a Nossa Senhora, no local mais alto do povoado. A exemplo de Portugal, por associação de semelhança, denominou-se Nossa Senhora das Brotas do Rio do Peixe, devido ao grande número de brotas d’água existente na região. No final do século XIX os moradores de Lindóia construíram a atual Igreja Matriz. A área do terreno foi doada por Joaquim Franco de Godoy e, em 10 de março de 1898, a Igreja foi reconhecida como Paróquia de Nossa Senhora das Brotas.
Em 1948, por ocasião do cinquentenário da Paróquia, foi erigido na praça da Matriz um monumento com a imagem da Padroeira, com a inscrição Posuerunt me custodem, que quer dizer Constituíram-me Padroeira.
Na década de 1980 a Igreja Matriz passou por reformas que a deixaram com a atual configuração interior. Em 1998 comemorou-se com grande solenidade o centenário da Paróquia. No início da década de 1990 vieram para trabalhar na Paróquia as Irmãs de Nossa Senhora das Dores, exercendo seu fecundo apostolado até o início do ano de 2005.