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Nasceu aos 04 de maio de 1952, na cidade paulista de Caconde, filho de João Cipollini e Alzira Carneiro Cipollini (já falecidos). Tem três irmãos, um dos quais é também bispo (de Marília-SP), e três irmãs. Na Matriz de Nossa Senhora da Conceição (hoje Basílica) em Caconde-SP, foi batizado em 25 de maio de 1952, crismado em 14 de novembro de 1954 e fez a primeira comunhão em 18 de outubro de 1959.
Cursou a escola primária no Grupo Escolar Dr. Cândido Lôbo, em Caconde, e o ginásio e colegial no Ginásio Prof. Fernando Magalhães, também em Caconde.
Em 1972 fez o noviciado nos padres Paulinos. Em 1973, ingressou no Seminário Central Imaculada Conceição, do Ipiranga (São Paulo-SP), pela Diocese de Franca-SP. Cursou Filosofia na FAI (Faculdades Associadas do Ipiranga, hoje UNIFAI), em São Paulo (1973-1975). Cursou também Pedagogia (1975-1976), obtendo a licenciatura em Filosofia e Pedagogia. Fez o curso de Teologia, na Pontifícia Faculdade de Teologia Nossa Senhora da Assunção, da Arquidiocese de São Paulo, obtendo o bacharelado em Teologia (1973-1977).
Foi ordenado diácono na Catedral da Imaculada Conceição em Franca-SP, em 07 de setembro de 1977, e Presbítero na mesma catedral, no dia 25 de fevereiro de 1978, pelo Bispo Diocesano de Franca, D. Diógenes Silva Matthes, hoje emérito.
Nomeado pároco da Paróquia São Sebastião, em Franca, tomou posse em 16 de março de 1978. Aí desenvolveu seu apostolado, reorganizando a paróquia, dividindo-a em setores pastorais. Promoveu as pastorais e o trabalho do Grupo Fraterno Auxílio Cristão, em prol dos menos favorecidos. Reformou a igreja e a casa paroquial, promovendo a construção da Igreja do Menino Jesus de Praga, hoje Paróquia. Em 1980 publicou, pela Editora Paulinas, o livro “Um cristão para hoje”, que atingiu várias edições, sendo traduzido para o espanhol. Entre outros cargos ocupados na Diocese de Franca, Pe. Pedro foi Coordenador Diocesano de Pastoral (1982-1983), professor e coordenador de estudos do Seminário Propedêutico (1983-1984).
Em 1984-1985, cursou pós-graduação em Teologia, na Faculdade Pontifícia Nossa Senhora da Assunção, em São Paulo, obtendo o Mestrado em Teologia, após defender tese em Teologia Dogmática. No ano em que morou em S. Paulo para escrever sua tese, foi vigário paroquial da Paróquia Imaculada Conceição, do Ipiranga, junto à Faculdade Assunção (1985). Frequentou o Curso de Extensão Universitária sobre o novo Código de Direito Canônico, no Instituto de Teologia Salesiano Pio IX, em julho de 1983.
Transferindo-se para Campinas, passou a lecionar no Instituto de Teologia da PUC-Campinas. Foi nomeado pároco da Paróquia dos Santos Apóstolos, na Vila Boa Vista, periferia de Campinas, tomando posse da paróquia em 28 de dezembro de 1985. Foi definitivamente incardinado no clero de Campinas, por decreto do Sr. Arcebispo Dom Gilberto Pereira Lopes, datado de 28 de janeiro de 1987.
Na Paróquia dos Santos Apóstolos, atuou no sentido de incentivar as pastorais sociais e a participação do povo na melhoria da qualidade de vida. Desenvolveu a Pastoral da Saúde para visita aos doentes. Realizou construções de salas para catequese e capelas nos Parques Santa Bárbara e Fazendinha.
Durante os anos de 1987 a 1989, exerceu o cargo de Diretor Espiritual do Seminário Propedêutico São José de Pedreira e Seminário Imaculada de Filosofia da Arquidiocese. Foi Vigário Episcopal da Região Episcopal Norte, de 1988 a 1990; membro do Conselho Episcopal e do Conselho de Pastoral da Arquidiocese.
Cursou o doutorado em Teologia na Itália, residindo em Roma, no Colégio Pio Brasileiro (1990-1992). Estudou na Universidade Gregoriana, onde defendeu tese de doutorado em Eclesiologia, conseguindo a laurea (magna cum laude).
Regressando a Campinas em 1993, foi nomeado Administrador Paroquial e, em seguida, pároco da Paróquia Nossa Senhora de Fátima, no Bairro Taquaral. Foi Diretor de Estudos do Seminário Imaculada de Teologia da Arquidiocese de Campinas (1993-1994). Retomou suas aulas na PUC-Campinas, a partir de 1993, como Professor Titular, lecionando História da Igreja Antiga, Eclesiologia, Mariologia e Epistemologia Teológica, Estágio Pastoral. Em 1996, fez parte da Comissão Central do “Projeto de Evangelização Rumo ao Novo Milênio”. Foi Coordenador do Departamento de Teologia Sistemática no ITCR PUC-Campinas, de 1997 a 1998. Em 1997, fez o Curso de Extensão Universitária sobre “Formação Espiritual nos Seminários Maiores”, em Viamão-RS, promovido pela CNBB e PUCRS.
Na Paróquia Nossa Senhora de Fátima, promoveu a reorganização e modernização da paróquia, direcionando-a para ser um centro de pastoral e evangelização. Instituiu o Conselho de Assuntos Econômicos (CAE) e o Conselho de Pastoral Paroquial (CPP). Organizou vários cursos de formação e atualização para casais, jovens e crianças. Ajudou na conscientização da população, a fim de reivindicar e conseguir a melhoria das condições de saúde da população do Taquaral, através da construção, pelo município, de um Novo Centro de Saúde, atualmente em funcionamento.
Escritor e articulista, publicou seus artigos no jornal Correio Popular. Manteve uma coluna quinzenal no jornal do Bairro Taquaral (Folha do Taquaral), enquanto ali trabalhou. Aliando ao ministério da pregação da Palavra de Deus no púlpito, o ministério da pregação pela imprensa e meios de comunicação, são inúmeras as entrevistas, principalmente pela TV, que tornaram o Pe. Pedro Carlos Cipollini conhecido na cidade de Campinas, além de cursos, retiros, palestras e pregações em diversas Igrejas e comunidades.
Em 03 de março de 1997, Pe. Pedro Carlos Cipollini foi escolhido para ser Vigário Forâneo da Forania Coração de Maria, uma das cinco Foranias (ou regiões pastorais) em que estava na época dividida a cidade de Campinas, cargo que exerceu até o fim do mandato em 1999. Foi Diretor Espiritual do Seminário Imaculada de Filosofia, da Arquidiocese de Campinas (1997-2000) e membro do Conselho de Presbíteros.
Em 1998, foi nomeado Coordenador Responsável da visita das Relíquias de Santa Teresinha a Campinas, acontecimento que reuniu milhares de pessoas para momentos inesquecíveis de veneração, oração e emoção.
No dia 08 de março de 1998, com a bênção do Arcebispo de Campinas, Pe. Pedro inaugurou a Capela de São Sebastião, que também faz parte da Paróquia Nossa Senhora de Fátima. A ampliação e reforma desta capela era uma aspiração antiga da população do bairro, há mais de vinte anos.
Recebeu o título de “Cidadão Honorário de Campinas”, em 06 de março de 2000, aprovado por unanimidade pela Câmara Municipal.
Em julho de 2000 publicou, pela Editora Alínea, um livro sobre pastoral urbana, “Cidade transfigurada: o futuro do mundo urbano passa pela solidariedade”.
Em 09 de setembro de 2000, na Basílica Nossa Senhora do Carmo, Pe. Pedro tomou posse como o novo pároco da Paróquia Nossa Senhora do Carmo (Basílica do Carmo), no centro de Campinas.
Foi Vigário Forâneo da Forania Santos Apóstolos, para o biênio de 2001-2002. Exerceu a função de Diretor Espiritual da Ordem Terceira Secular de Nossa Senhora do Monte Carmelo, anexa à Basílica, enquanto lá esteve.
Em 06 de março de 2001, foi nomeado Cônego Catedrático do Cabido Metropolitano de Campinas. Em 05 de dezembro de 2002, foi nomeado Vigário Episcopal da então Região Episcopal Campinas, cargo que ocupou até a chegada do novo Arcebispo, Dom Bruno Gamberini.
Foi nomeado Coordenador de Pastoral da então Região Campinas, permanecendo no cargo até dezembro de 2008. Em março de 2003 foi nomeado Assessor Eclesiástico da Comissão Arquidiocesana da Pastoral Familiar. De 2002 a 2008, foi membro do Conselho Arquidiocesano de Pastoral (CAP) e do Conselho de Presbíteros. De 2004 a 2008, foi membro da Coordenadoria de Pastoral.
Recebeu, da Câmara Municipal de Campinas, a medalha Arautos da Paz, em 26 de novembro de 2004.
De 2008 a 2010, foi Assessor da Comissão Arquidiocesana em Defesa da Vida.
Foi nomeado pelo presidente da CNBB, Card. Geraldo Magela Agnello, membro da comissão teológica de peritos da Comissão de Doutrina da Fé para o mandato de 2003-2006 e confirmado para o período de 2007-2009.
Em 27 de fevereiro de 2009 foi nomeado Capelão da Irmandade e da Santa Casa de Misericórdia de Campinas. Em 16 de março de 2010 foi nomeado Arcediago (Presidente) do Cabido Metropolitano de Campinas.
Foi nomeado bispo diocesano de Amparo pelo Papa Bento XVI, em 14 de julho de 2010, sendo ordenado bispo na catedral de Campinas no dia 12 de outubro de 2010 e empossado no dia 24 de outubro de 2010 na Diocese de Amparo. Recebeu o título de cidadão amparense em 21 de Dezembro de 2010.
No dia 30 de Julho tornou-se professor emérito da Universidade Católica de Campinas, onde lecionou por 25 anos na Faculdade de Teologia. Foi nomeado membro da Comissão Pastoral Episcopal para a Doutrina da Fé, da CNBB, para o mandato de 2011-2014. Nomeado membro da Academia Amparense de Letras, empossado em 11 de Novembro de 2011. Membro da Comissão de Redação do Tema Central da 51a. Assembleia Geral da CNBB. Mantém um programa diário na TV Século XXI, “Palavra Divina”, comentando as leituras da liturgia diária, desde 2011. Recebeu também o título de Cidadão Honorário de Amparo, Jaguariúna, Mogi Mirim e Itapira. Editou o livro “Permanecei no meu Amor: para uma espiritualidade presbiteral do serviço” e uma Carta Pastoral dirigida a todos os diocesanos. No seu ministério episcopal em Amparo criou 7 paróquias, ordenou 13 padres e promulgou o 1° Plano de Pastoral Diocesano.
Na Assembleia Geral da CNBB de 2015, foi eleito presidente da Comissão Pastoral Episcopal para a Doutrina da Fé, para os anos de 2015-2018.
No dia 27 de maio de 2015 foi eleito Bispo de Santo André/SP pelo Papa Francisco em substituição a D. Nelson Westrupp, SCJ, que teve sua renúncia aceita por limite de idade.
